Tale efficacia non si deve ad una causa unica, ma alla somma di diversi effetti biologici prodotti dalla magnetoterapia nei tessuti del corpo umano, soprattutto in presenza di processi infiammatori.
l rilassamento della muscolatura, ottenuto con la magnetoterapia, contribuisce a sua volta a migliorare la microcircolazione, le fibre lisce si rilassano e si produce un effetto di vasodilatazione, il rilascio di endorfine contribuisce ad elevare la soglia del dolore, ed una leggera iperemia ed un maggiore irrigazione sanguigna producono l'effetto antiinfiammatorio; anche la normalizzazione del potenziale elettrico della membrana cellulare contribuisce all'azione della magnetoterapia contro il dolore.